Сградата на Института по рибни ресурси – ССА е построена по идея на Н.В. цар Фердинанд I през 1906 – 11 г. Проектът е дело на архитект Дабко Дабков.
Използването на Аквариума по предназначение се забавя, поради войните за обединението на българския народ (1912 – 13 г.; 1915 – 18 г.) и превръщането му в квартира на войскови части и тракийски бежанци, а впоследствие - във Военноморско (1918 – 22 г.) и Рибарско училище (1922 – 1930 г.).
След извършен основен ремонт на 17.07.1932 г. Н.В. цар Борис III официално открива Морската биологична станция с Аквариум към Софийския университет. През 1954 г. тя е преобразувана в Научно – изследователски институт по рибарство и рибна промишленост, преименуван последователно на Централен научно – изследователски институт по рибовъдство и риболов (1961 г.), Научно – изследователски институт за рибно стопанство и океанография (1965 г.), Научно – изследователски институт по океанография и рибно стопанство (1968 г.), Институт по рибни ресурси (1973 г.). Учени от ИРР са в основата на създадения през 1973 г. Институт по океанология – БАН.
През 2000 г. Институтът е обединен с Института по сладководно рибарство – Пловдив в Институт по рибарство и аквакултури до 01.01.2007 г., когато връща своята самостоятелност.
Директори на Института по рибни ресурси :
Проф. д-р Стефан Георгиев Консулов (1885 - 1954) 1932 - 1934 г.
Чл. кор. Георги Василев Паспалев (1895 - 1967) 1934 – 1940 г.
Чл. кор. Александър Константинов Вълканов (1904 - 1971) 1942 – 1962 г.
Проф. дн Людия Станчев Иванов (1929 - 2002) 1964 – 1990 г.
Проф. дн Петър Полдиев Коларов (1931 - 2013) 1990 – 2001 г.
Доц. д-р Стойко Митев Стойков (1940) 2001 - 2002 г.
Проф. дн Камен Богданов Проданов (1947 - 2004) 2002 – 2003 г.
Проф. дссн Лиляна Хаджиниколова (1949) 2003 - 2007 г.
Доц. д-р Даниела Петрова Георгиева – Клисарова (1961) 2007 – 2013 г.
ВрИД Проф. дн Веселин Димитров Пейчев (1959) март 2013 - септември 2013 г.
Проф. д-р Даниела Петрова Георгиева - Клисарова (1961) 2013 - 2017 г.